Susanne Rothbauer studierte Biologie an der Universität Ulm. Im Mittelpunkt stand dabei die ökologische Betrachtung zu Wurzelwachstumsbedingungen in einem wiedervernässten Moorgebiet im Schwäbischen Donaumoos. Nach Abschluss ihres Studiums war sie 3 Jahre als Projektassistentin am Zentrum für Wissenschaftliche Weiterbildung (ZAWiW) der Universität Ulm im Projekt „Ulmer 3-Generationen-Uni“ (u3gu) tätig. In diesem Projekt geht es darum, Kinder und Jugendliche im Sinne des forschenden Lernens für Naturwissenschaften und Technik zu begeistern.

Seit Mai 2011 ist sie wissenschaftliche Mitarbeiterin am Arbeitsbereich Erziehungswissenschaftliche Zukunftsforschung. Ihr Arbeitsschwerpunkt liegt im Bereich der Multiplikatorenausbildung Nachhaltige Schülerfirmen.